Postępowanie w sprawach uregulowanych w ustawie o ochronie danych osobowych prowadzi się według przepisów Kodeksu postępowania administracyjnego, o ile przepisy ustawy nie stanowią inaczej (art. 22 ustawy o ochronie danych osobowych). Do postępowania przed Generalnym Inspektorem Ochrony Danych Osobowych stosuje się więc przepisy normujące tryb prowadzenia postępowania administracyjnego.

Generalny Inspektor wyposażony został w kompetencje o charakterze władczym. Art. 12 ustawy o ochronie danych osobowych do jego zadań zaliczył wydawanie decyzji administracyjnych i rozpatrywanie skarg w sprawach wykonania przepisów o ochronie danych osobowych. Decyzje rozstrzygają sprawę co do jej istoty w całości lub w części albo w inny sposób kończą sprawę w danej instancji. Tego rodzaju rozstrzygnięcia, wydane z zastosowaniem norm prawa materialnego, kształtują prawa i obowiązki podmiotów, których dotyczą.

Jeśli, w wyniku czynności podjętych z urzędu lub na wniosek osoby zainteresowanej, Generalny Inspektor Ochrony Danych Osobowych stwierdzi naruszenie przepisów ustawy o ochronie danych, w drodze decyzji administracyjnej, nakazuje przywrócenie stanu zgodnego z prawem, a w szczególności:

• usunięcie uchybień,
• uzupełnienie, uaktualnienie, sprostowanie, udostępnienie lub nieudostępnienie danych osobowych,
• zastosowanie dodatkowych środków zabezpieczających zgromadzone dane osobowe,
• wstrzymanie przekazywania danych osobowych do państwa trzeciego,
• zabezpieczenie danych lub przekazanie ich innym podmiotom, usunięcie danych osobowych.

Decyzje te, nie mogą ograniczać swobody działania podmiotów zgłaszających kandydatów lub listy kandydatów w wyborach na urząd Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej, do Sejmu, do Senatu i do organów samorządu terytorialnego, a także w wyborach do Parlamentu Europejskiego, pomiędzy dniem zarządzenia wyborów a dniem głosowania. Również w odniesieniu do zbiorów, które zostały uzyskane w wyniku czynności operacyjno-rozpoznawczych przez funkcjonariuszy organów uprawnionych do wykonywania tych czynności, nie mogą nakazywać usunięcia danych osobowych zebranych w toku tych czynności, jeśli prowadzone są na podstawie przepisów prawa. Także w przypadku, gdy przepisy innych ustaw przewidują odmienny tryb przywracania stanu zgodnego z prawem, stosuje się te inne przepisy.

Strona, niezadowolona z decyzji wydanej przez Generalnego Inspektora Ochrony Danych może wystąpić do Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych z wnioskiem o ponowne rozpatrzenie sprawy. Odwołanie wnosi się w terminie 14 dni od dnia doręczenia decyzji stronie. Przed upływem terminu do wniesienia odwołania decyzja nie ulega wykonaniu, a wniesienie odwołania w terminie wstrzymuje wykonanie decyzji. O wniesieniu odwołania Generalny Inspektor informuje strony postępowania. Wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy rozpatrywany jest na podstawie przepisów dotyczących odwołań od decyzji.

W myśl art. 21 ust. 2 ustawy o ochronie danych osobowych na decyzję Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych w przedmiocie wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy stronie przysługuje skarga do sądu administracyjnego.