Nadzór nad systemem Eurodac sprawuje Europejski Inspektor Ochrony Danych Osobowych oraz przedstawiciele krajowych organów nadzorczych nad Eurodac pochodzący z każdego z państw członkowskich. Wchodzą oni w skład Grupy Koordynującej. Każdy z członków Grupy Koordynującej zostaje wyznaczony przez organ nadzorczy, który reprezentuje. Jeśli państwo członkowskie wyznaczyło więcej niż jeden organ nadzorczy, organy te wyznaczają wspólnego przedstawiciela.